وجهت الوحدات المختصة في مكافحة الارهاب بتونس ضربات موجعة أدت الى إضعاف كتيبة عقبة بن نافع، وذلك بالقضاء على أغلب قيادات الصف الأول في تنظيم الحاملين لجنسيات جزائرية.
القضاء على الإرهابي خالد الشايب
يعرف خالد الشايب بلقمان ابو صخر- إرهابي جزائري، مخطط وقائد وأمير كتيبة عقبة بن نافع المسؤولة عن كل العمليات الإرهابية التي وقعت في البلاد، وأعلن مقتله في كمين بسيدي عيش ولاية قفصة و الذي أسفر ايضا عن القضاء على:
ميمون الجزائري
و ناصر العطاري
كريم الحزي
كريم حزي، المطارد منذ سنة 1994 في الجزائر، والذي شارك في عمليات كثيرة في مالي والجزائر، ولم تتمكن السلطات الجزائرية ولا التونسية من القبض عليه منذ ذلك التاريخ ليقع القضاء عليه في جبل عرباطة- جويلية 2015 رفقة الارهابي مراد الغرسلي .
هارون الجزائري
كما نجحت الوحدات المختصة لمكافحة الارهاب للحرس الوطني في القضاء على ارهابي خطير و هو هارون الجزائري- في 11 اوت 2015 بمرتفعات جبل سمامة .
ابو سفيان الصوفي
قتل امير تنظيم كتيبة عقبة بن نافع في 30 افريل 2017 خلال عملية أمنية بسيدي بوزيد بعد تبادل إطلاق نار. حيث قام بتفجير نفسه بحزام ناسف اثر محاصرته من قبل الوحدة المختصة لمكافحة الارهاب .
أبو ياسر
تمكنت الوحدة المختصة في أوت 2017 من القضاء على ارهابي جزائري كنيته “ابو ياسر” في جبل بيرنو أرسل من قبل ابو مصعب عبد الودود أمير تنظيم القاعدة في المغرب الاسلامي حتى يطلع على اوضاع الكتيبة بعد ان تدهورت المسائل فيها والخسائر التي تكبدتها بمقتل أبو سفيان الصوفي ومراد الغرسلي ولقمان ابو صخر وظهور الخلافات بين عناصرها على تولي زمام الكتيبة بين عناصر تونسية وجزائرية، الى جانب توقف التجنيد بها والمؤونة .
بلال القبي
يعتبر بلال القبيّ الإرهابي الجزائري الخطير، وأحد قيادات الصف الأول في تنظيم القاعدة ، الذي تمت تصفيته مساء السبت من قبل قوات الأمن التونسية في منطقة خمودة القريبة من جبل سمامة بالقصرين، أحد أهم أجنحة هذا التنظيم، واليد اليمنى لزعيم القاعدة في المغرب العربي عبد المالك درودكال.
بشير الناجي
الارهابي المسمى “بشير ناجي” المكنى “حمزة النمر” قضي عليه مساء السبت من قبل الوحدة المختصة لمكافحة الارهاب و هو أمير سرية .